SNP主要指在基因組水平上，由于單個核苷酸變異引起的DNA序列多態(tài)性。其在生物基因組中分布廣泛、數(shù)目多且相對穩(wěn)定，是物種中不同個體表型變異的主要遺傳來源。而且SNP標記技術(shù)易于自動化、高通量的檢測分析，所以使SNP成為繼第一代分子標記技術(shù)RFLP與第二代分子標記技術(shù)STR多態(tài)標記后的第三代分子標記技術(shù)。由生物基因組中SNP的密度是最高的，是構(gòu)建生物高通量基因分型最適合的標記，但是由于SNP是單核苷酸變異產(chǎn)生的多態(tài)性，所以不能使用常規(guī)的PCR技術(shù)與凝膠電泳技術(shù)來區(qū)分其多態(tài)性。而使用測序技術(shù)來分析SNP位點，這樣雖然標記密度高，但是成本也相對很高，而且很耗時。所以，競爭性等位基因特異PCR（Kompetitive Allele Specific PCR ，KASP）因其經(jīng)濟靈活的特點，作為國際上主流SNP檢測方法之一，替代傳統(tǒng)的高通量測序，在SNP分型研究中發(fā)揮重要作用。
1、含有SNP的單倍型基因-1和單倍型基因-2作為模板；針對等位基因SNP位點設計的兩個正向引物和一個通用反向引物；每條正向引物尾部有特異性序列，可與熒光標記結(jié)合。
3、隨著PCR循環(huán)數(shù)增加，擴增子數(shù)量呈指數(shù)增長，熒光探針更多地退火到新合成的互補鏈上，發(fā)出熒光。不同顏色熒光即反映不同SNP類型，使用酶標儀對實驗結(jié)果進行檢測就能夠達到我們的最終實驗目的。
KASP檢測基因分型在農(nóng)業(yè)領域中，可以進行性狀基因的精細定位、分子輔助育種、種子資源鑒定、樣本群體分析等；在醫(yī)學領域中，則主要是疾病的分子遺傳機制研究、疾病基因定位、藥物敏感或疾病易感性位點篩選等。華中農(nóng)業(yè)大學余四斌教授及其團隊基于KASP技術(shù)開發(fā)了用于水稻特殊營養(yǎng)物質(zhì)、水稻產(chǎn)量等基因分型引物，并獲得該引物應用專利（專利號：201710751904.1，專利號：201710297282.X）。
1、樣品數(shù)量：樣本數(shù)量越大，成本越低；
2、樣品濃度： 100ng/ul-1000ng/ul
3、樣品用量： 至少200ul（根據(jù)檢測標記數(shù)量確定）
4、樣品純度： 無明顯雜質(zhì)、大分子及顏色，OD260/230 大于1
紅色熒光代表單倍型1（allele-1），藍色熒光代表單倍型2（allele-2），綠色熒光代表雜合型（heterozygous）
1. KassaSemagn et al. (2013) Single nucleotide polymorphism genotyping using Kompetitive Allele Specifi c PCR (KaSp): overview of the technology and its application in crop improvement. Molecular Breeding.